Do jednego konta w systemie Fakturex można przypisać kilka różnych firm i w trakcie korzystania z programu swobodnie przełączać się między nimi bez potrzeby wylogowywania się. Proszę jednak pamiętać, że każda firma posiada własne faktury, własnych klientów i indywidualną bazę produktów, nie ma możliwości żeby np. kilka firm korzystało z jednej listy kontrahentów. Jeżeli chcemy aby nasze firmy miały tę samą bazę klientów, musimy z osobna dla każdej z nich taką bazę utworzyć.
Aby zarządzać firmami na koncie, należy z menu po lewej stronie wybrać zakładkę „Ustawienia”, a następnie przejść do „Zmień/dodaj firmę”. W panelu zarządzania firmami wyświetla się lista wszystkich naszych firm. Nową firmę możemy dodać, używając przycisku „Dodaj nową firmę”, znajduje się on w prawym górnym rogu podstrony. Wypełniamy wszystkie niezbędne dane w formularzu i zatwierdzamy przyciskiem „Zapisz”.
W tym miejscu możemy także określić firmę, która będzie aktywna domyślnie po każdorazowym zalogowaniu się użytkownika w systemie (przycisk „Ustaw jako domyślną”, domyślna firma jest na liście oznaczona „ptaszkiem”) oraz określić firmę aktywną w aktualnej sesji tzn. tą, w której obrębie chcemy pracować w danym momencie (przycisk „Ustaw jako aktywną”, aktywna firma jest na liście oznaczona „ptaszkiem”, dodatkowo informacja dotycząca aktywnej firmy wyświetlana jest cały czas w prawym górnym rogu ekranu). Aktywna firma może zostać zmieniana w trakcie trwania sesji wielokrotnie.